คลองบางแก้ว เป็นคลองธรรมชาติ เป็นคลองสาขาที่แยกออกจากแม่น้ำนครชัยศรี มีคลองสาขาต่าง ๆ เช่นห้วยจรเข้ คลองบางแขม และคลองหนองดินแดง คลองบางแก้วที่บริเวณธรรมศาลา ได้แยกออกเป็นสองสาย สายหนึ่งไปบรรจบกับคลองเจดีย์บูชา อีกสายหนึ่งแยกขึ้นไปเป็นคลองบ้านภูมิ ต่อไปเป็นห้วยจรเข้ผ่านบ้านหนองขาหยั่งเรียกว่า คลองบางแขม ผ่านบ้านหนองดินแดงเรียกว่า คลองหนองดินแดง ต่อขึ้นไปเป็นคลองบางตาลและคลองยาง ส่วนหนึ่งของคลองของเส้นแบ่งเขตจังหวัดนครปฐมกับจังหวัดราชบุรี แล้วไปบรรจบแม่น้ำแม่กลองที่บ้านท่าผา อำเภอบ้านโป่ง จังหวัดราชบุรี[1]คลองบางแก้วไหลผ่านพื้นที่ทางทิศใต้เมืองนครปฐมโบราณ โดยแยกออกเป็นทางน้ำ 2 สาย ทางน้ำสายแรกไหลเข้าสู่ทิศใต้ของเมืองเป็นคลองเมืองทางด้านใต้และรวมกับห้วยจระเข้ซึ่งเป็นคลองทางทิศตะวันตกของเมืองนครปฐมโบราณ มีชื่อเรียกคลองเมืองทางทิศใต้ในระยะนี้ว่า คลองพญากง และไหลออกไปทางทิศตะวันออกไปรวมกับลำน้ำบางแก้วทางวัดธรรมศาลา ส่วนทางน้ำอีกสายหนึ่งไหลผ่านพื้นที่ใต้เมืองนครปฐมโบราณ เรียกลำน้ำนี้ว่า คลองพญาพาน[2]คลองบางแก้วเป็นเส้นทางเสด็จพระราชดำเนินไปทรงสำรวจองค์พระปฐมเจดีย์ของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว